O Comitê Diretor do Projeto GATI (CD) foi instalado em 2010 e é uma instância paritária, composta por um membro representante de cada uma das associações indígenas ARPIN-SUL, ARPIPAN, APOINME, APIB, Articulação do Mato Grosso e Coiab; três membros do Ministério do Meio Ambiente e três membros da Funai. O PNUD e a TNC participam como observadores. O CD se reúne de forma ordinária semestralmente, mas também pode se reunir de forma extraordinária para tratar de temas específicos. Além das atribuições em relação à discussão e aprovação do Plano Operacional Anual (POA), a partir da análise dos resultados da implementação, o CD também apoia o projeto de forma política e estratégica, visando a incorporação de experiências e lições aprendidas em políticas públicas nacionais.

A Unidade de Gestão de Projeto (UGP) é responsável pelo planejamento operacional, supervisão, gestão financeira e administrativa de todas as atividades do Projeto, preparação de relatórios de gestão e promoção de articulações institucionais entre todos os atores envolvidos do governo e de organizações não governamentais que participam do projeto. A execução naciona dos recursos de doação do GEF é feita pela UGP, que está sediada na Funai-Brasília, sob a Coordenação Geral de Gestão Ambiental (CGGAM), da Diretoria de Promoção ao Desenvolvimento Sustentável (DPDS). De acordo com a Portaria da Funai n° 562 de 14 de abril de 2011, a Unidade Gestora é composta por: Diretor Nacional, Coordenador Nacional, Coordenador Técnico, Coordenador Financeiro e Apoio.

Dentro da Funai, a UGP dialoga com as coordenações gerais que atuam diretamente com o projeto e têm assento no Comitê Diretor, são elas: Coordenação Geral de Monitoramento Territorial (CGMT) e a Coordenação Geral de Etnodesenvolvimento (CGEtno). Quando há temas em comum, a UGP também dialoga com a Coordenação Geral de Promoção aos Direitos Sociais (CGPDS) e a Coordenação Geral de Promoção à Cidadania (CGPC).