A gestão do Projeto Gestão Ambiental e Territorial é composta pelas instâncias:

Comitê Diretor do Projeto GATI: formado por um representante de cada uma das associações indígenas ARPIN-SUL, ARPIPAN, APOINME, APIB, Articulação do Mato Grosso e Coiab; três membros do Ministério do Meio Ambiente e três membros da Funai. O PNUD e a TNC participam como observadores (saiba mais).

UGP: A Unidade de Gestão de Projeto é responsável pelo planejamento operacional, supervisão, gestão financeira e administrativa de todas as atividades do Projeto, preparação de relatórios de gestão e promoção de articulações institucionais entre todos os atores envolvidos do governo e de organizações não governamentais que participam do projeto. Está sediada em Brasília (saiba mais).

Conselhos Regionais: Os Conselhos Regionais são instâncias criadas em cada um dos oito Núcleos Regionais do GATI, e têm como a finalidade coordenar as ações, orientando a implementação do Projeto nas áreas de referência a partir da elaboração dos planos de ação regionais. O Conselho também faz o controle social do Projeto, acompanha e monitora a efetividade da sua implementação (saiba mais).

Núcleos Regionais: têm como objetivo principal apoiar a implementação do Projeto nas áreas de referência, colaborando na elaboração dos Planos de Ação em base regional e fomentando a inclusão das ações previstas dentro dos Planos de Trabalhos Anuais (PTAs) das Coordenações Regionais da Funai (saiba mais).