Com base no Capítulo III, artigos 5° a 10°, do Decreto Presidencial n° 7.747, de 5 de junho de 2012, as instâncias de governança da PNGATI são:

I - Comitê Gestor da PNGATI: É responsável pela coordenação da execução da política e é integrado por representantes governamentais e representantes indígenas, conforme ato conjunto dos Ministros de Estado da Justiça e do Meio Ambiente. Cabe também ao Comitê Gestor promover articulações para a implementação da PNGATI, realizando acompanhamento e monitoramento de ações.

II - Comitês Regionais da Funai: Os Comitês são órgãos colegiados das Coordenações Regionais da Funai, compostos de forma paritária por indígenas e servidores da administração pública federal. Dessa maneira é instituído um modelo de gestão que garante a participação dos representantes das comunidades indígenas nas decisões que os afetam. Sua função principal é apoiar a articulação e implementação da PNGATI em âmbito regional.

III - Comissão Nacional de Política Indigenista (CNPI): Acompanha a implementação da PNGATI a fim de promover sua articulação com as demais políticas públicas de interesse dos povos indígenas.

IV- Conferência Nacional da PNGATI: É a maior instância de decisão da PNGATI. Vai se reunir de dois em dois anos e terá como objetivo principal preparar o Programa de Gestão Ambiental do PPA (Plano Plurianual) e avaliar sua implementação.

• Instalado o Comitê Gestor da PNGATI (31/10/2013);
• Durante a 2a Reunião Ordinária, Comitê Gestor da PNGATI faz balanço de ações e define plano de trabalho (28/03/2014).